Nel dicembre del 1998, durante i lavori per la costruzione di un edificio che avrebbe dovuto ospitare la sede del nuovo Sistema di Comando e Controllo presso la stazione di Pisa San Rossore, iniziarono a emergere dagli scavi sotterranei tracce di materiale archeologico.
La scoperta si rivelò presto ben più importante del previsto, trattandosi di un sito di grande importanza.
Le imbarcazioni trovate, tra navi da trasporto e barche fluviali, sono risultate essere perfettamente conservate, grazie alla particolare situazione di completa mancanza di ossigeno e la presenza di falde sotterranee. Si sono così potuti pervenire una grande quantità di materiali solitamente deperibili, quali legno, cordami, cesterie, attrezzi da pesca e utensili. Inoltre si è recuperato buona parte del carico di queste navi contenuto in anfore e vasi.
La scoperta eccezionale ha fatto parlare di una Pompei in versione marittima.