L'arcipelago è indissolubilmente legato, per il suo nome ma non solo, a quello dell'eroe acheo Diomede; così forte fu questo legame che nell'antichità le isole furono chiamate isole Diomedee.
Ovvio che le leggende si sprechino.Si narra, quindi, che queste isole nacquero per mano di Diomede, allorchè gettò in mare tre giganteschi massi (poi corrispondenti a San Domino, San Nicola e Capraia). Quei massi se li era portati con sé da Troia e, misteriosamente, riemersero sotto forma di isole. Leggenda vuole che l'eroe ebbe il primo contatto con la Daunia, prima di sbarcare sul Gargano, nei pressi di Rodi, peregrinando in lungo e largo per la regione dauna e unendosi in matrimonio con la figlia (Euippe, secondo alcuni Drionna, secondo altri Ecania) di Dauno, re dei Dauni.
Naturalmente, ci sono mille varianti a questo mito e una, con meno basi epiche, vuole che i tre massi fossero avanzati dal carico che l'eroe omerico aveva utilizzato per tracciare i confini del suo nuovo regno, la Daunia, quindi con collocazione dell'episodio già dopo il matrimonio con Euippe.
Sempre la leggenda non lega soltanto la nascita delle Tremiti a Diomede, ma rimanda anche che Diomede stesso sia morto nell'arcipelago pugliese.
Molte narrazioni, pur diverse tra loro, sono accomunate dalla collocazione del luogo della scomparsa dell'eroe nelle isole Tremiti, ma la versione più comune della leggenda narra del ritiro di Diomede, insieme ai suoi compagni, sull'arcipelago, dove andrà incontro alla morte. Sull'isola di San Nicola vi è una tomba di epoca ellenistica chiamata ancora oggi Tomba di Diomede. Particolare interessante della leggenda riguarda le diomedee (che i tremitesi chiamano arenne), caratteristici uccelli che popolano le scogliere dell'arcipelago;si vuole che questi uccelli, dal nome riconducibile all'eroe greco, siano i suoi compagni trasformati da Afrodite per compassione o per vendetta.
La versione più narrata, vuole invece che la dea, per compassione verso il dolore dei compagni di Diomede, li abbia trasformati in uccelli, appunto le diomedee, che con i loro garriti (simili ai vagiti di un bimbo), soprattutto notturni, continuano a piangere affranti la scomparsa del loro condottiero.
Fuori dalle leggende, le isole Tremiti hanno una storia che rimanda molto spesso all'idea di confino: in epoca romana le isole erano note con nome Trimerus ossia "tre posti" o "tre isole". L'imperatore Augusto vi relegò la nipote Giulia per esempio; Carlo Magno vi esiliò Paolo Diacono,in epoca più recente, durante il ventennio fascista, l'arcipelago continuò a essere luogo di confino, ospitando tra l'altro anche il futuro Presidente della Repubblica, Sandro Pertini e Amerigo Dumini.
Eppure questi luoghi splendidi dell'Adriatico hanno avuto, anche e soprattutto, un legame a doppio filo con le vicende storiche, politiche ed economiche dell'abbazia di Santa Maria a Mare (a Montecassino in mezzo al mare).L'abbazia fu soppressa solo nel 1783 da re Ferdinando IV di Napoli che nello stesso anno istituì sull'arcipelago una colonia penale. Nel periodo napoleonico l'arcipelago fu occupato dai murattiani che si trincerarono all'interno della fortezza di San Nicola resistendo validamente agli assalti di una flotta inglese (anno 1809). Di questi attacchi sono visibili ancora oggi i buchi delle palle di cannone inglesi sulla facciata dell'abbazia.
Queste brevi e sommarie notizie vi possono ben far capire come le Tremiti siano non solo un territorio stupefacente dal punto di vista ambientale, per l'habitat marino e il soggiorno isolano che le fa diventare veri diamanti incastonati nell'Adriatico, ma luoghi pregni di storia e che offrono al visitatore odierno un percorso ricco di fascino che sazia non solo la sete del sapere ma anche quella della fantasia.