L’isola è sempre stata molto frequentata per la sua posizione baricentrica nel mare Mediterraneo; la conoscevano i fenici, nelle loro navigazioni commerciali, i greci, che la usavano come approdo lungo le rotte per la Provenza, e anche i romani, nelle loro sfortunate avventure marinaresche.
Nel Medioevo vi giunsero per primi i monaci camaldolesi, che si dedicarono alle costruzioni religiose e anche alla coltivazione dei terreni. Nel frattempo, nelle riparate baie dell’isola avevano fissato la propria dimora temporanea pirati e corsari.
Col tempo arrivarono sull’isola i pastori sardi e i pescatori liguri, che la colonizzarono sino alla fine del 1800. Durante la Prima guerra mondiale, l’isola fu utilizzata come campo di concentramento per migliaia di prigionieri serbi e austro-ungarici.
Nei recenti anni ’80, la colonia penale fu trasformata in carcere di massima sicurezza e, dal 1997, in Parco Nazionale.